La série débute sur terre, dans un collège comme il en existe tant au japon.
Kanzaki Hitomi, élève tranquille,est habituée à avoir des visions.
Pourtant, cette fois-ci, la réalité dépasse la fiction puisque dans un éclair lumineux, apparaît un jeune homme maniant l'épée : Van Fanel.
Celui-ci est poursuivit pas un dragon qui ne tarde pas à les prendre en chasse.
Une fois la bête terrassée, le garçon récupère dans la carcasse fumante une pierre cristalline qui fait réagir le pendentif d'Hitomi.
Les voilà tous deux transportés sur Gaia, dans le pays de Fanélia, dont Van est le futur Roi.
Incapable de renvoyer la jeune fille chez elle, Van l'invite à son palais où il va se faire couronner.
Cependant, Hitomi a de nouvelles vision qui vont se réaliser: la ville est attaquée par des géants invisible qui vont tout détruire.
Van a à peine le temps de prendre possesion du bien le plus précieux de Fanélia, Escaflowne, un robot géant d'Ispano, pour défendre les siens ,quand Hitomi et lui-même se retrouvent, dans un nouvel éclair, catapultés loin du champ de bataille.
Leur fuite les conduira à Astria, où ils feront la rencontre du chevalier céleste Allen Schezar, qui fera les frais de son hospitalité en subissant une attaque des mystérieux génats, se révèlant être des Guymelefs de l'empire de Zaibacher.
Obligée à nouveau de fuir, la petite troupe, aidée du Croisé d'Allen, va tenter de briser les plans de conquètes de l'Empereur Donkirk, mais se heurtera à la ruse et à la puissance de ses sbires.
Hitomi découvrira que ses visions, ou ses lectures de l'avenir grâce à son jeu de Tarot, à l'aide de son mystérieux pendentif, peuvent se révéler très utiles dans ce monde placé entre ciel et terre.